学院于1999年开始试行学科制，在竹类、经济林及造林教研室的基础上成立森林培育学科，2003年全面实行学科制管理，实现了人人有学科归属、有研究方向。现有省一流学科（A类）2个，分别是林学（含森林培育、森林保护、遗传等3个二级学科）、生态学（含生态学、植物学2个二级学科），其中林学同时为国家林业局重点学科，植物学为国家林业局重点培育学科，中药学科为校级重点学科。